参考答案

（1）漏缴房产税。根据房产税相关规定，企业生产经营用房产应缴纳房产税。应补缴房产税=12000×（1-20%）×1.2%=115.2（万元）
（2）漏缴印花税。根据印花税相关规定，企业签订的购销合同、运输合同应缴纳印花税。应补缴印花税=87400×0.3‰+468×0.5‰+10080×0.3‰+35000×0.3‰+1100×0.5‰=26.22+0.234+3.024+10.5+0.55=40.53（万元）
（3）增值税计算错误①根据增值税相关规定，与销售货物取得的运输费收入属于增值税的混合销售行为，应按规定计算销项税额。销项税额=468+（1+17%）×17%=68（万元）②根据增值税相关规定，接受赞助的原材料，取得增值税专用发票上注明的增值税额可作为进项税额抵扣。进项税额为5.1（万元）③根据增值税相关规定，因管理不善损失的原材料，相对应的进项税额不能抵扣，应作进项税额转出。转出的进项税额=（618.6-18.6）×17%+18.6÷（1-7%）×7%=102+1.4=103.4（万元）④共计应补缴增值税=68-5.1+103.4=166.3（万元）
（4）消费税计算错误。根据消费税相关规定，销售摩托车取得的运输收入应该缴纳消费税。应补缴消费税=468÷（1+17%）×10%=40（万元）
（5）应补缴城市维护建设税和教育费附加=（166.3+40）×（7%+3%）=20.63（万元）
（6）企业2009年度会计利润总额=87400-190000×0.28+468÷（1+17%）+10080-28000×0.22-11000-7600-2100-3600-103.4（进项转出）+130+170+35.1+90-9748-2029.26-115.2-40.53-40-20.63=2548.08（万元）
（7）业务招待费计算错误。根据企业所得税相关规定，发生的业务招待费超标准的部分不能在所得税前扣除。超标准=900-489.4=410.6（万元）标准1：900×60%=540（万元）；标准2：（87400+400+10080）×5‰=489.4（万元）
（8）新技术研究开发费用计算错误。根据企业所得税相关规定，新技术研究开发费用可加计扣除50%，加计扣除金额=800×50%=400（万元）。
（9）支付其他企业管理费用计算错误。根据企业所得税相关规定，支付给其他企业的管理费300万元，不能在所得税前扣除，应调增应纳税所得额。
（10）从直接投资的居民企业获得的股息收入计算错误。根据企业所得税相关规定，直接投资居民企业分回的股息收入免征企业所得税。应调减所得额130万元。
（11）向贫困山区的捐赠计算错误。根据企业所得税相关规定，捐赠额超过会计利润总额12%的部分不能在所得税前扣除，超标准=500-305.77=194.23（万元）。扣除标准=2548.08×12%=305.77（万元）
（12）合并股份公司的亏损弥补计算错误。根据企业重组相关规定，在特殊性税务处理方法下，被合并企业的亏损弥补有限额限定。2009年度，可弥补被合并股份公司的亏损限额=2500×6%=150（万元）
（13）国债利息收入计算错误。根据企业所得税相关规定，国债利息免征企业所得税，应调减所得额90万元。
（14）从境外分回的投资股息计算错误。根据企业所得税相关规定，分回的境外股息应先调减所得额170万元，然后单独计算补（退）税额。应补缴所得税=170÷（1-15%）×（25%-15%）=20（万元）
（15）应补缴的企业所得税2009年度应纳税所得额=2548.08+410.6-400+300-130+194.23-150-90-170=2512.91（万元）境内、外实际应纳所得税额=2512.91×25%+20=648.23（万元）该企业2009年度应补企业所得税额=648.23-570.19=78.04（万元）。