参考答案

（1）企业会计年末自行根据投资比例确认投资收益，不属于税法规定的收入，不存在补税的问题。
股息、红利等权益性投资收益，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。
（2）补税=2500×2%×25%=12.5（万元）
符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益是免税的，但不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
（3）免税的投资收益，不必补税。
居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，属于税法规定的免税收入，即使存在税率差，也不需要补税。