参考答案

根据我国最近制定的相关内部控制原则，可以判断，该公司的内部控制系统在以下几个方面不符合相关规定：
第一，内部环境。员工提出问题被管理层忽视，表明甲公司的文化不支持良好的内部控制，表明甲公司存在管理效率低下的问题。
第二，甲公司缺乏有效的信息与沟通系统。甲公司员工向管理层反映问题的报告程序不健全。
第三，没有证据表明甲公司存在旨在减少药品微生物污染风险的控制测试系统。