参考答案

（1）该项目被认定为违法建设的主要原因如下： 　　①未经批准，擅自调整总平面图（或规划条件，增加建筑面积），属于改变建筑工程规划许可的违法建设行为。 　　②按照擅自变更的总平面图进行施工图设计，属于违法设计行为。 　　（2）结合案情提出的处理意见如下： 　　①按照规划法的规定，应该对设计单位进行行政处罚。 　　②规划部门应依法对建设单位进行行政处罚。 　　③如确需修改规划许可内容，应依法重新报规划部门报批。