参考答案

(1)甲注册会计师通过向开户银行函证，不仅可以查明B公司的银行存款、借款的存在，还可以发现企业未登记入账的银行存款、借款。另外，还可以发现未披露的或有负债。
(2)在询证函内指明回函请直接寄往甲注册会计师所在的会计师事务所。甲注册会计师直接收回开户银行询证函回函的目的是为了防止B公司截留或更改回函。
(3)甲注册会计师应检查银行存款余额调节表中未达账项的真实性，以及财务报表日后的入账情况。
(4)甲注册会计师索取开户银行2012年1月31日的银行对账单，可以证实列示在银行存款余额调节表上的在途存款和未兑现支票的真实性。