参考答案

甲研究所有权要求乙公司付清全部余款并赔偿损失。依据法律规定,当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人一方未支付价款或者报酬的,对方可以要求其支付价款或者报酬。当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的,在履行义务或者采取补救措施后,对方还有其他损失的,应当赔偿损失。因此,甲研究所有权要求乙公司付清全部余额并赔偿损失。