参考答案

（1）该工程被责令停工的原因包括： 　　①建设单位擅自改建，构成违法建设。 　　②新建建筑侵占道路红线，并占压了地下管线。 　　（2）该市城市规划行政主管部门对本案作如下处理： 　　①立即拆除擅自改建的二层结构和侵入道路用地并占压地下管线的这部份违规建筑。 　　②对违法建筑单位依法罚款。 　　③建议追究该工程主要负责人的违法责任。 　　④追究城北区城市行政主管部门违规审批责任，并负责赔偿因违规审批而造成的这部份经济损失。