参考答案

税务机关存在的不当之处主要有：
（1）企业支付给供货方违约金4万元可以在企业所得税税前扣除，不需作纳税调整增加。企业对支付4万元违约金税前扣除的做法没有错，税务机关不应该对其进行纳税调整，不应作出补税、罚款和加收滞纳金的决定。根据税法规定，经济合同违约金允许在企业所得税前扣除。
（2）补缴企业所得税11.5万元不当，税务机关对调整增加的应纳税所得额不应直接按适用税率计算应补缴的企业所得税，而应调整企业原已申报的应纳税所得额-120万元。根据税法规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损，且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补亏损后仍有余额的，按企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。
（3）对该企业的处罚不当，加收滞纳金的期限计算不正确，滞纳金应从纳税期满开始计算，因为企业所得税的纳税期限为年度终了之日起5个月内，即2019年5月31日前缴清税款，滞纳期间应自2019年6月1日开始计算，而不应从2019年1月1日开始计算滞纳金。
（4）扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款50%以上3倍以下的罚款。