参考答案

该食品生产企业增值税缴纳中存在多抵扣进项税额问题：
①农产品收购发票只能是收购企业向农业生产者开具，该食品生产企业可以向农民开具农产品收购发票，但不能向集贸市场的小商贩开具农产品收购发票，由于向小商贩开具了农产品收购发票，导致多抵扣了进项税额。
②蔬菜批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证，导致该企业多抵扣了进项税额。
③2013年8月以后，取得的货物运输业增值税专用发票才可以抵扣进项税额，取得普通发票不得抵扣进项税额。