参考答案

(1)总监理工程师向甲施工单位发出整改通知正确。
理由:甲施工单位属于总承包单位,建设单位与甲施工单位之间存在合同关系,总监理工程师的所有指令均发给总承包单位。
(2)总监理工程师向乙施工单位发出整改通知不正确。
理由:因施工单位是分包单位,乙施工单位和建设单位没有合同关系。
(3)采取的措施:总监理工程师应下达工程暂停令,要求承包单位停工整改;整改完毕后经监理人员复查,符合规定要求后,总监理工程师应及时签署工程复工报审表。