参考答案

清算时该公司应缴纳的土地增值税计算如下：
①可扣除的取得土地使用权所支付的金额=（17000+17000×5%）×90%=16065（万元）
②可扣除的房地产开发成本=（2450+3150）×90%=5040（万元）
【提示】建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。
③公司发生的借款利息费用，在计算土地增值税时，对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
【提示】公司发生的借款利息费用，在计算企业所得税时，对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息允许扣除。
可扣除的房地产开发费用=（600-150）×90%+（16065+5040）×5%=405+1055.25=1460.25（万元）
④与转让房地产有关的税金2227.5万元
⑤加计扣除项目金额=（16065+5040）×20%=4221（万元）
扣除项目金额合计=16065+5040+1460.25+2227.5+4221=29013.75（万元）增值额=40500-29013.75=11486.25（万元）增值率=11486.25÷29013.75×100%=39.59%，适用税率为30%
2015年9月进行土地增值税清算时该公司应缴纳的土地增值税=11486.25×30%=3445.88（万元）