参考答案

（1）根据《企业内部控制应用指引第1号——组织架构》，在“三重一大”问题上应当按照规定的权限和程序实行集体决策或者联签制度。任何个人不得单独进行决策或者擅自改变集体意见。根据案例给定信息，董事长一人对此重大决策进行拍板，违反了应用指引规定。应该按照要求实行集体决策。
（2）根据《企业内部控制应用指引第11号——工程项目》，企业的工程项目一般应当采用公开招标的方式，而不是直接指定。
（3）根据《企业内部控制应用指引第16号——合同管理》，对于影响重大、涉及较高专业技术或法律关系复杂的合同，应当组织法律、技术、财会等专业人员或聘用外部专家参与谈判；而甲公司则仅依靠自己力量，并且未能进行有效合同技术部分的审查。在起草合同商务部分条款时，考虑不周，未能对等安排双方各自的权利。