参考答案

(1)甲企业与乙公司约定的该条款无效。根据《物权法》规定，抵押权人在债务履行期届满前，不得与抵押人约定债务人不履行到期债务时抵押财产归债权人所有。如果双方在合同中约定债务人不履行到期债务时，抵押财产归债权人所有，则此条款无效。
(2)甲企业与乙公司之间设立了抵押权。根据《物权法》规定，当事人以《物权法》规定的生产设备、原材料、半成品、产品，正在建造的船舶、航空器，交通运输工具设定抵押，抵押权自抵押合同生效时设立。未经登记，不得对抗善意第三人。因此对这些财产是否进行抵押登记，完全由当事人决定。
(3)丁修理厂可以行使留置权。根据《物权法》规定，留置权的成立条件是：①债权人占有债务人的动产。②债权人留置的动产，应当与债权属于同一法律关系，但企业之间留置的除外。③债权已届清偿期且债务人未按规定期限履行义务。本题中的情形符合留置权成立的条件，所以这是可以行使留置权的。