参考答案

①E公司有权拒绝D公司返还机床的请求。根据规定，E公司基于善意取得制度（E公司当时善意、以合理的市场价格有偿取得并已经交付）依法取得了该机床的所有权，E公司有权拒绝D公司返还机床的请求；②D公司可以向管理人申报普通破产债权。根据规定，债务人占有的他人财产被违法转让给第三人，依据《物权法》第106条的规定第三人已善意取得财产所有权，原权利人无法取回该财产的，如果转让行为发生在破产申请受理前，原权利人因财产损失形成的债权，作为“普通破产债权”清偿。