参考答案

业主开出的罚单费用计算不合理。根据合同第（3）款的约定，延误工期每天罚款1000元。该工程建设中，第一项工期延误是雨期施工，耽误了皮带走廊与井口房的施工衔接，该项工期延误应当由施工单位承担责任;第二项工期延误是业主部分手续未办理造成的，不是施工单位的责任。因此，由施工单位原因造成的工期延长时间是20天，只能罚款2.0万元。