参考答案

（1）甲公司与乙公司签订的是行纪合同。
（2）乙公司主张取得差价款5000元不符合规定。根据规定，行纪人低于委托人指定价格买入的，可以按照约定增加报酬，没有约定或约定不明确的，依照《合同法》的规定仍不能确定的，该利益属于委托人。在本题中，乙公司以低于甲公司指定价格5000元买入机器，双方对该利益的归属未在合同中作出明确约定时，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定；仍不能确定的，该利益属于委托人甲公司，乙公司不能主张取得差价款。
（3）乙公司主张甲公司承担处理委托事务而支出的4000元不符合规定。根据规定，在行纪合同中，行纪人处理委托事务支出的费用，除当事人另有约定，应自行承担。
（4）甲公司要求乙公司承担损害赔偿责任符合规定。根据规定，行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利、承担义务。第三人不履行义务致使委托人受到损害的，行纪人应当承担损害赔偿责任，但行纪人与委托人另有约定的除外。在本题中，丙公司交付的机器设备存在瑕疵，甲公司和乙公司的合同中并未作出特别约定，乙公司应当对甲公司承担损害赔偿责任。