（1）房地产开发成本指纳税人开发房地产项目实际发生的成本，主要包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等。

（2）根据税法规定，已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85％以上的，或该比例虽未超过85％，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。

该房地产开发公司房地产项目已竣工验收，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例为90％，在85％以上，所以主管税务机关可要求该房地产开发公司进行土地增值税清算。

（3）按照下列步骤计算土地增值税。

（1）转让房地产的收入为35000万元。

（2）转让房地产的扣除项目金额：

①取得土地使用权所支付的金额为：

15000×（1＋3％）×50％×90％＝6952.5（万元）

②房地产开发成本为：9000×90％＝8100（万元）

③房地产开发费用为：600×90％＋（6952.5＋8100）×5％＝540＋752.63＝1292.63（万元）

④与转让房地产有关的税金为350万元

⑤从事房地产开发的加计扣除金额为：

（6952.5＋8100）×20％＝3010.5（万元）

转让房地产的扣除项目金额为：

6952.5＋8100＋1292.63＋350＋3010.5＝19705.63（万元）

（3）转让房地产的增值额为：

35000－19705.63＝15294.37（万元）

（4）转让房地产的增值率为：

15294.37÷19705.63＝77.61％，适用税率为40％，速算扣除系数为5％。

（5）应纳土地增值税税额为：

15294.37×40％－19705.63×5％＝5132.47（万元）。