参考答案

（1）甲公司从乙公司分回的税后投资收益属于免税收入（符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益），应调减应纳税所得额200万元。
（2）甲公司转让未到期的国债，取得的转让收益25万元不属于免税收入，无需进行纳税调整。
（3）新产品研究开发费用在计算纳税所得额时准予加计扣除50%，应调减应纳税所得额＝80×50%＝40（万元）。
（4）业务宣传费扣除限额＝3000×15%＝450（万元），实际发生额为200万元，无需进行纳税调整。
（5）甲公司直接向灾区的捐赠30万元不得扣除，应调增应纳税所得额30万元。
（6）甲公司通过市民政部门向灾区小学的捐赠，扣除限额＝1000×12%＝120（万元），应调增应纳税所得额＝130－120＝10（万元）。
（7）甲公司2011年应纳所得税额＝（1000－200－40＋30＋10）×25%＝200（万元）。
（8）甲公司2011年度汇算清缴时应补缴企业所得税＝200－188＝12（万元）。