参考答案

（1）对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按13%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
（2）该行为不属于不得抵扣进项税额的范围，不需作进项税额转出，也不属于视同销售货物行为，不需计算销项税额。进项税可以正常抵扣。
（3）不需要做进项税额转出。因为较强降雨属于不可抗力的自然灾害，公司已经做好管理措施，所以发生的损失不是因管理不善造成的损失，是可以抵扣其进项税额的。