参考答案

（1）败诉的原因是：该城乡规划主管部门做出的行政处罚行为不符合《行政处罚法》第四十二条“行政机关做出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利；当事人要求听证的，行政机关应当组织听证”的规定，即没有严格按照行政处罚规定的程序出处罚决定。 　　（2）城乡规划主管部门应按照《行政处罚法》规定的程序对该科研单位的违法建设行为进行调查，即应当派两名以上工作人员进行调查、询问、搜集证据，依当事人申请组织听证程序后，经集体讨论做出处罚决定，并将行政处罚决定书送达该科研单位。 　　占用规划绿地进行建设，属于无法采取改正措施消除对城乡规划实施影响的情况，规划部门应当做出限期拆除的决定，并可以对该科研单位处建设工程造价10％以下的罚款。 　　行政处罚决定做出后，在法定期限内，当事人逾期不申请复议，也不向人民法院起诉，又不履行处罚决定的，城市规划行政主管部门应当申请人民法院强制执行。