参考答案

不妥之处一：专业分包单位将其编制的桩基础专项施工方案报送监理工程师审批。

理由：建筑工程实行施工总承包的，专项方案应当由施工总承包单位组织编制。其中，起重机械安装拆卸工程、深基坑工程、附着式升降脚手架等专业工程实行分包的，其专项方案可由专业承包单位组织编制。

不妥之处二：施工总承包单位认为监理工程师应直接向专业分包单位下达停工令，拒绝签收停工令。
理由：根据相关规定，未经总承包单位同意，分包单位不得直接与建设单位发生直接工作联系。