②甲公司已经支付的100万元作为普通破产债权清偿。根据规定，债务人占有的他人财产被违法转让给第三人，第三人已向债务人支付了转让价款，但未能取得财产所有权，原权利人依法追回转让财产的，对因第三人已支付对价而产生的债务：转让行为发生在破产申请“受理前”的，作为“普通破产债权”清偿；转让行为发生在破产申请“受理后”的，作为“共益债务”清偿。