参考答案

（1）投资总额和注册资本的比例不合法。根据规定，合营企业的投资总额在1000万美元以上至1250万美元以下的，注册资本不得低于500万美元。在本题中，投资总额为1000万美元，注册资本应不低于500万美元，A企业的注册资本仅为450万美元，不合法。（或者，根据规定，注册资本210万美元以上至500万美元的，投资总额不得超过注册资本的2倍。在本题中，A企业的注册资本为450万美元，投资总额不得超过900万美元。）
（2）甲公司以专利使用权出资不合法。根据规定，合营各方按照合营合同的规定向合营企业认缴的出资，必须是合营者自己所有的现金、自己所有并且未设立任何担保物权的建筑物、厂房、机器设备或者其他物料、工业产权、专有技术等。在本题中，甲公司用于出资的“专利”并非自己所有，而仅仅是通过与他人签订专利权使用许可合同取得的专利使用权。
（3）甲公司的出资期限不合法。根据规定，合营合同规定分期缴付出资的，合营各方第一期出资，不得低于各自认缴出资额的15%，并且应当自营业执照签发之日起3个月内缴清。在本题中，投资计划中拟订甲公司第一期出资自营业执照签发之日起6个月内缴清，不合法。
（4）由总经理担任A企业的法定代表人不合法。根据规定，董事长是合营企业的法定代表人。