参考答案

(1)B公司的行为构成对A研究所专利权的侵权。根据《专利法》规定，发明和实用新型专利权被授予后，除本法另有规定的以外，任何单位或者个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品，或者使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品。本题中，B公司未经专利权人A研究所许可，制造、销售其专利产品，构成专利权的侵权。
(2)B公司的申请理由不能成立。根据《专利法》规定，申请专利的发明创造在申请日以前6个月内，有下列情形之一的，不丧失新颖性：①在中国政府主办或者承认的国际展览会上首次展出的；②在规定的学术会议或者技术会议上首次发表的；③他人未经申请人同意而泄露其内容的。本题中，A研究所的产品是在中国政府举办的国际展览会上为公众所知的，属于丧失新颖性的例外情形之一，故其在规定的6个月内提出专利申请的，仍具有新颖性。B公司申请宣告专利权无效的理由不能成立。
(3)A研究所获得的赔偿额可以以B公司的获利40万元为标准确定。根据《专利法》规定，侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定。本题中，B公司为生产经营目的擅自使用他人专利权，获利40万元。
(4)B公司应经A研究所许可，签订专利实施许可合同，支付使用费，并在合同生效日后3个月内报专利行政管理部门备案。根据《专利法》规定，任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立书面实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。本题中，B公司若想合法生产该产品，须与A研究所签订专利实施许可合同，支付使用费，并应自合同生效之日起3个月内到国务院专利行政部门办理备案手续。