国家重点生态功能区要以保护和修复生态环境、提供生态产品为首要任务，因地制宜地发展不影响主体功能定位的适宜产业，引导超载人口逐步有序转移。A项正确。

国家重点生态功能区的功能定位是：保障国家生态安全的重要区域，人与自然和谐相处的示范区。C项正确。

积极推进农业的规模化、产业化，发展农产品深加工，拓展农村就业和增收空间属于国家层面农产品主产区的功能定位——保障农产品供给安全的重要区域，农村居民安居乐业的美好家园，社会主义新农村建设的示范区。D项错误。