第（2）项恰当。审计项目组针对不正常的回函率保持了职业怀疑，同时与被询证者相关人员直接沟通讨论询证事项，前往被询证者工作地点，验证了被询证者的真实存在。

第（3）项恰当。如果注册会计师认为跟函方式能够获取可靠信息，注册会计师跟函时需要有甲公司员工陪伴，注册会计师需要在整个过程中保持对询证函的控制，同时，对甲公司和被询证者之间串通舞弊的风险保持警觉。

第（4）项不恰当。审计项目组在收到对询证函口头回复的情况下，可以要求被询证者丙公司提供直接书面回复。如果仍未收到书面回函，注册会计师需要通过实施替代程序，寻找其他审计证据以支持口头回复中的信息。

第（5）项恰当。虽然该限制条款使注册会计师将回函作为可靠审计证据的程度受到了限制，但是审计项目组执行了替代审计程序，消除了对此回函可靠性疑虑。