参考答案

　　（1）B公司主张其债权的诉讼时效是符合法律规定的。根据规定，当事人向人民法院请求保护其民事权利的诉讼时效期间为2年，从知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。B公司与A公司的债权债务纠纷至B公司起诉时尚未超过2年，A公司与C公司的债权债务纠纷虽然已超过2年，但A公司通过向C公司提出请求履行义务的要求而使该诉讼时效中断，致使已经经过的时效期间统归无效，诉讼时效期间重新计算，A公司最后一次向C公司主张其权利的时间为2007年12月，至2009年3月5日尚未超过2年。因此，B公司主张其债权的诉讼时效是符合法律规定的。
　　（2）首先，人民法院判令由C公司向B公司履行清偿义务，A公司与B公司、A公司与C公司相应的债权债务关系予以消灭的判决是符合法律规定的。因为，根据规定，债权人向次债务人提起的代位权诉讼，经人民法院审理后认定代位权成立的，由次债务人向债权人履行清偿义务，债权人与债务人、债务人与次债务人之间相应的债权债务关系即予消灭。
　　其次，人民法院判令诉讼费用由A公司承担的判决是不符合法律规定的。因为，根据规定，在代位权诉讼中，债权人胜诉的，诉讼费由次债务人负担，从实现的债权中优先支付。本案人民法院判令诉讼费用由A公司（即债务人）承担的判决，是没有法律依据的。