考查抗菌药物供应目录。

其一，抗菌药物分级管理目录由省级卫生行政部门制定，本机构抗菌药物供应目录由医疗机构制定，向核发其《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门备案。可见，选项A所涉及的政府部门错误，选项C将制定机构缩小为医疗机构一个部门。

其二，医疗机构应当严格控制本机构抗菌药物供应目录的品种数量，可以启动临床采购程序，但是调整后的抗菌药物供应目录总品种数不得增加，可见选项B说法错误。

其三，基层医疗卫生机 构根据新阶段医药卫生体制改革精神，只能配备基本药物，抗菌药物也只能从基本药物中选择，选项D说法正确。故答案为D。