2016年5月1日全面营改增后，旅游服务改增增值税。假设甲旅游公司是一般纳税人，且选择差额计税。 

（1）甲旅游公司应缴纳的增值税=（400000-100000-40000-50000-90000）×6%=120000×6%=7200（元）；可以扣除的费用仅包括替旅游者支付给其他单位或个人的门票费、交通费、餐费、住宿费、签证费和接团费，除此以外的保险费等其他费用均不得扣除。 

（2）乙车行不需缴纳增值税。因为其取得的跨境运输收入适用增值税零税率。 

（3）民营客运公司不需要缴纳增值税。向本单位员工提供劳务为非营业活动，不征增值税。 

（4）本题应改为计算增值税时，甲旅游公司应提交境外收款单位的签收单据等合法有效凭证，如果税务机关有疑义，应提供境外公证机构的确认证明。