甲公司代收的政府性基金30万元应计入应纳税所得额。

根据规定，对企业依照法律、法规及国务院有关规定收取并上缴财政的政府性基金和行政事业性收费，准予作为不征税收入，于上缴财政的当年在计算应纳税所得额时从收入总额中减除；未上缴财政的部分，不得从收入总额中扣除。本题中，甲公司代收的政府性基金在当年未上缴财政，所以应计入应纳税所得额。