参考答案

【正确答案：A】

本题中的备案的工程合同和补充协议是属于典型的“黑白合同”,依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“《解释》”)第21条规定:当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的,应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因此,本题选A。