卫生监督科室管理或单位建设存在的问题：
1、卫生监督员队伍的整体素质偏低，且专业结构不合理，业务水平不高与当前的工作要求有差距。
卫生监督员的高素质是实施强有力卫生监督执法的关键环节，不仅要求卫生监督人员有一定的专业知识，同时还要求他们必须掌握行政管理知识和法律知识。从目前的卫生监督人员的构成情况来看大多数的监督员依法行政意识不强，不适应当前卫生监督综合执法的要求。而另一方面部分监督员对卫生执法的专业性、技术性认识不足，在对行政法律法规的学习比较重视的同时，又忽视了专业法律法规及专业知识的学习，在监督工作中常常遇到困难。
2、卫生监督人员编制数多，但大多数不专业。与当前市场经济的快速发展和人民群众的健康安全要求存在很大差距，无法适应面广量大的监督执法工作需要。
3、卫生监督人员的进出口不畅，限制了卫生监督队伍整体素质的提高。
尽管卫生监督机构目前存在种种困难和不足，但单位事业性质、全额财政拨款，同时具有行政监督执法权，仍是许多求职者向往的工作单位。由于事业单位的人事制度改革尚未全面开展，监督机构本身没有人事权，存在着卫生监督工作的人员不能有效分流想要的专业，对口、素质高的人才不能及时引进，而通过各种关系进入的人员不一定适应卫生监督工作的要求，这种现象的存在严重限制了卫生监督队伍整体素质的提高。
4、卫生监督城乡网络虽刚健全，但工作没有完全理顺和到位。 镇（办）卫生院和社区卫生服务中心（站）的协管组已设立，人员虽配齐，但协管队伍素质参差不齐，加之项目刚刚实施，时间不长，工作人员对项目认识不到位，培训又跟不上，大多协管员不会工作，使许多区域存在卫生监督空白点。