人事考勤管理系统的设置包括以下几个方面：

1. 基础设置：包括公司信息、部门信息、职位信息、员工信息等基础数据的录入和管理。

2. 考勤规则设置：根据公司的考勤制度和政策，设置考勤规则，如打卡时间、迟到早退、加班、请假等。

3. 考勤设备设置：选择适合公司的考勤设备，如刷卡机、指纹识别机、人脸识别机等，并进行相应的设置。

4. 考勤统计设置：根据公司的需要，设置考勤统计的周期、方式和报表格式等。

5. 考勤异常处理设置：设置考勤异常的处理方式，如迟到早退、缺勤、加班等异常情况的处理方法。

6. 考勤审批流程设置：根据公司的管理制度，设置考勤审批流程，包括请假审批、加班审批等。

7. 数据备份设置：设置数据备份周期和方式，确保数据的安全性和可靠性。

8. 系统权限设置：设置系统用户权限，确保系统安全性和管理效率。

以上是人事考勤管理系统的基本设置，根据公司的实际情况和需求，还可以进行其他定制化设置。