您好！关于您提出的问题，两个公司的注册资本分别是一亿和三亿，它们之间的区别主要体现在以下几个方面：

1. 公司实力：注册资本是公司成立时股东认缴的出资额，一定程度上反映了公司的实力。一般来说，注册资本较高的公司具有更强的实力和更大的业务规模。因此，注册资本三亿的公司在实力上可能会比注册资本一亿的公司更强。

2. 市场信任度：注册资本较高的公司在市场信任度方面更具优势。客户和合作伙伴往往会认为注册资本较高的公司更有保障，从而更愿意与其开展业务合作。

3. 投资规模：注册资本高的公司可以承担更大的投资规模，有利于公司开展大型项目，获取更多的市场份额。

4. 负债能力：注册资本高的公司负债能力相对较强，可以在一定程度上降低财务风险。

5. 税收政策：我国税收政策对注册资本有一定的优惠政策，注册资本较高的公司可能享受到更多的税收减免。

6. 公司形象：注册资本高的公司在企业形象方面更具优势，有助于提高公司知名度和品牌形象。

需要注意的是，虽然注册资本高的公司具有以上优势，但并不意味着注册资本低的公司就没有发展潜力。实际上，公司的经营状况和盈利能力才是衡量公司优劣的关键因素。

综上所述，两个公司注册资本分别是一亿和三亿，主要区别在于公司实力、市场信任度、投资规模等方面。希望我的回答能够解决您的疑问。如有其他问题，请随时提问，我会耐心为您解答。谢谢！