一、关于自行建造厂房的增值税问题：

首先，自行建造的厂房在转让时确实需要缴纳增值税，但这部分增值税并不包含在当月应缴纳的增值税中，原因如下：

1. 根据我国增值税法规定，增值税的纳税义务发生时间为货物、劳务、服务交付或者应当交付的时间。自行建造厂房属于自用资产，不涉及交付行为，因此在建造过程中不产生增值税纳税义务。

2. 当自行建造的厂房进行转让时，转让行为才产生增值税纳税义务。此时，应按照转让厂房的销售额计算应缴纳的增值税，并在转让当月申报缴纳。

二、关于支付的运费税额不能作为税额抵扣的问题：

1. 根据我国增值税法的规定，纳税人支付的进项税额可以用来抵扣销项税额。但并非所有支付的税额都能作为进项税额抵扣，例如：

a. 用于非增值税应税项目的购进货物、劳务、服务的税额，不能作为进项税额抵扣。

b. 用于简易计税方法计税项目、免税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务的税额，也不能作为进项税额抵扣。

2. 对于支付的运费税额0.36万元，如果该运费是用于上述不能抵扣的项目，那么该税额不能作为进项税额抵扣。

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