尊敬的提问者，您提出的关于增值税进项税额处理的问题非常重要。下面我将根据税务规定和会计原则为您详细解答：

首先，增值税进项税额是指企业购买原材料、设备等过程中支付的增值税。通常情况下，这部分税额可以用于抵扣企业销售产品或提供服务时产生的增值税（即销项税额），这是我国增值税制度的核心内容。

以下是为何增值税进项税额3900元不计入成本的原因：

1. **会计核算原则**：根据我国的会计准则，成本是指企业为生产商品或提供劳务而发生的直接费用和间接费用。增值税进项税额属于政府收取的税款，而非企业为生产商品或提供劳务而直接发生的费用，因此在核算成本时并不包含这部分税额。

2. **税法规定**：按照我国的税法规定，进项税额是用来抵扣销项税额的，而不是作为成本支出。这样可以避免对同一笔税金进行双重计算，确保税负公平。

3. **成本控制**：如果将进项税额计入成本，会导致成本虚高，影响企业的成本控制和经营决策。

4. **税务申报**：在企业的税务申报过程中，进项税额和销项税额是分别申报的，进项税额在增值税专用发票上单独列示，不与成本混淆。

综上所述，增值税进项税额不计入成本是出于会计核算原则、税法规定和成本控制的需要。

希望我的回答能够帮助您完全理解这个问题，如果还有其他疑问，欢迎继续提问。我会耐心为您解答。