(一)产品结构单一
目前，银行合作理财产品比较单一，主要是“打新股”产品和融资类产品。在2018年，打新股产品在银信合作产品中的比重达到71%。这主要是由于2018年证券市场的牛市行隋，加上一级市场新股发行的高折价，使打新股成为高回报的无风险套利行为。不过，自2018年以来，打新股的首日上市价格也逐步走低，收益开始下降。很多股票已经跌破发行价，持有时间稍长的话甚至会带来亏损。加上股票市场连续的下跌，市场的新股发行量剧减。最近几个月来，几乎很少有打新股产品发行。
实际上，融资类信托理财产品的发展正呈现加速趋势。由于此类产品不受信贷规模的限制，其已成为商业银行规避从紧货币政策的一条“暗渠”。无论是“票据”产品还是“转让贷款”产品，都是对贷款规模控制的变相突破。不管是打新股产品的盛行还是融资类产品的火爆，银信合作模式仍然没有摆脱产品单一的尴尬局面，信托公司远没有实现受托理财的专业理财职能。
(二)信托行业发展参差不齐，在银信合作中处于弱势地位
在银信合作模式中，主导权掌握在商业银行手中。商业银行因为有庞大的营业网点和客户资源，加上商业银行本身的信誉，在销售理财产品环节具有明显优势。信托公司由于不能对信托项目进行公开宣传，加上合同分数不能超过200份的限制，在产品销售方面不具备优势。而在产品设计方面，国内普遍存在产品设计能力不强的问题，信托公司也不比商业银行强。因此，整个银信合作项目都在商业银行的主导下完成，银行管资金来源，委托给指定的资金使用方。
因此，产品的定价权也掌握在银行手中，银行只是付给信托公司少量的信托管理费用，大部分的收入属于商业银行。
(三)银信合作产品中隐含的系统风险
第一，部分资金流入房地产等受宏观政策调控的高风险行业。2018年内共有71只单一资金信托计划投向房地产企业，金额为235.3亿元。当前房地产行业整体存在较高风险，房地产交易持续低迷，房地产企业面临着巨大的资金压力。
在严格的政策限制背景之下，只得以大幅高于正常贷款利率才有可能融到资金。此类房地产信托计划通常给出很高的预期收益率(平均在15%以上)。实际的贷款利率远高于信托计划的预期收益率，一般在20%以上。在金融市场上高风险总是与高收益相对应。本来，信托计划以及委托贷款都是一种市场行为，投资者为了追求高回报，就必须承受高风险。但是，商业银行并不存在控制此类贷款风险的正向激励，而信托理财计划的投资者对风险的认知缺陷，并不能真正承担相应的经营风险。一旦贷款出现违约，将产生一系列问题，不利于维护金融稳定。
第二，融资性理财产品的担保存在的风险。银监会于2018年11月发布了《关于有效防范企业债担保风险的意见》，对银行业金融机构发行债券提供担保以及其他融资类担保行为进行了规范。然而，部分银行通过其他途径为信托贷款提供担保，从而规避监管要求。其主要做法是通过第三方银行或者政策性银行(主要是国家开发银行)进行担保，或者以授信、后续贷款等方式变相担保。发行理财产品的商业银行以及作为运作平台的信托公司都不承担借款企业的违约风险，那么这种信用风险只有提供担保的机构来承担。担保的金融机构在贷款调查和项目调查参与程度不够，那么提供担保的金融机构本身对贷款项目的风险程度评估不够充分。
第三，商业银行通过信贷资产转让行为，优化了资产负债结构，使其未能反映真实风险。商业银行通过信贷资产转让或票据资产转让等行为，将这些资产转移到表外，从而降低了贷款资产规模，改善了资产负债比例关系。但是，按照银信合作协议的一般规则，这些贷款资产仍然由银行负责管理，包括贷款的回收。如果贷款到期不然按期收回本息，则损失由银行承担。银行虽然转移了资产，却不能转移相应的风险。因此，仅看银行的资产负债表，并不能真正反映其真实的全部风险敞口。
(四)银信合作理财模式使货币供应量的统计口径更加模糊，降低了货币供应量作为政策目标的有效性
金融管制的放松及金融创新快速发展使对货币的定义及计量十分困难。从国际经验来看，美国和日本等国家在20世纪70年代都经历过金融创新使货币供应量这个政策目标失效的过程。关于一些创新金融产品该不该归纳到货币供应量的范畴，在全球范围内引起了长时间的争论，而究竟应该归纳到哪个层次的货币供应量，也没有定论。
银信合作理财产品是近年来金融市场的一种创新，也存在这方面的问题：一方面，一些理财产品的出现可能改变了货币供应量，但现有统计口径无法反应。例如，居民的存款变成理财产品，尤其很多短期产品，那么这种资产究竟能否纳入到货币供应量的统计口径，如果可以的话，应该纳入到哪个层次的货币供应量，这个问题值得探讨。另一方面，有些理财产品的出现，虽然不会改变货币供应量，但却支持了社会的融资活动。例如，通过银信合作理财产品发放信托贷款，居民的存款变成了企业的存款，并没有影响到货币供应量的变化，事实上却发生了融资活动。如果不考虑这个因素，单纯以货币供应量的变化作为货币政策调控目标，其有效性将下降。
(五)信息不透明
一直以来，理财市场一直存在着信息不透明、支付条款模糊的情况。在银监会2018年推出的管理条例与指引文件，以及2018年的现场检查与指导中，都反复强调了投资者对理财产品的知情权。对于银信合作理财产品而言，主要的问题是信贷类产品投资的贷款项目不明确。此外，由于银信合作属于单一资金信托，此类产品尚没有专门的管理办法或条例。有观点认为，银信合作属于私募基金形式，不需要公开信息披露。但是，银行的客户是广大的投资者，带有公募基金性质，因而有必要扩大信息披露的范围和频率。