首先，让我们来梳理一下您提供的信息：

1. 甲公司于2019年1月1日发行了5年期债券。
2. 债券收到银行存款（即发行价格）为1000万元。
3. 债券面值总额为1250万元。
4. 票面利率为4.72%，按年支付利息，每年支付利息为59万元。
5. 本金在最后一次支付时还清。
6. 采用直线法摊销。

您提到的“2020年初的账面余额是1109？摊销50不是1200吗？”这个问题可能包含了一些混淆。

根据您提供的信息，这里是如何计算债券的摊销：

直线法是债券溢价或折价摊销的一种方法，每年摊销相同的数额。在您的情况下，债券的发行价（1000万元）低于面值（1250万元），因此存在500万元的折价。

由于是5年期债券，每年的摊销额应该是：

折价总额 / 债券期限（年）= 500万元 / 5年 = 100万元/年

至于账面余额，它是指每年末债券的账面价值。在2019年末，债券的账面价值计算如下：

- 初始发行价：1000万元
- 加上当年摊销的折价：100万元
- 减去当年支付的利息：59万元

2019年末的账面余额为：1000万元 + 100万元 - 59万元 = 1041万元

到2020年初，账面余额应该是1041万元，而不是1109万元。

如果“摊销50”是指的您认为应该摊销的是50万元，这并不正确，因为根据直线法计算，每年应摊销100万元。

至于“1200”的问题，可能是指您认为5年期的折价摊销总额应该是500万元，这是正确的，但是摊销是每年摊销相同的数额，即每年100万元，而不是在第一年就全部摊销。

希望这样的解释能帮助您理解债券的摊销计算。如果还有任何疑问，请随时提问。我会耐心地帮助您解决问题。