首先，对于您所提到的医疗行业的公司，从小规模纳税人转为一般纳税人确实需要关注免税备案的问题。

1. 免税备案：

根据中国税法，部分医疗服务项目可以享受免税政策。如果您的公司提供的医疗服务属于免税范围，那么需要进行免税备案。具体操作是向主管税务机关提交相关资料，包括但不限于公司资质证明、服务项目列表等，以证明公司提供的服务符合免税条件。

至于是否需要做免税备案，这取决于您公司所提供的具体医疗服务内容。建议您详细查阅相关税法规定或咨询专业税务顾问，以确保合规。

2. 申报税时的差别：

做了免税备案与不做免税备案在申报税时主要有以下差别：

（1）税率和税基：免税备案后，在申报税时，相关免税项目的收入将不计入应纳税收入，从而降低整体税负。而没有做免税备案的收入则需按照正常税率征税。

（2）申报表格：进行免税备案后，在填写税务申报表格时，需要按照规定填写免税收入部分，与应税收入分开。

（3）税务审核：做了免税备案的公司在税务审核时，税务机关可能会对免税项目进行更加严格的审查，确保免税条件的合规性。

总之，进行免税备案有利于降低公司税负，但需要确保符合相关税法规定，以免产生税务风险。

希望以上回答能够帮助您解决问题，如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！