尊敬的提问者，您的问题涉及到了税率这一复杂且具体的话题。根据我检索到的信息，以下是针对您的疑问的详细解答：

1. 不动产经营租赁的税率确实通常为9%。这是根据我国现行的增值税政策，对于大多数不动产租赁业务所适用的税率。

2. 至于您公司厂房租金的税率为5%，可能有以下几种情况：

a. 小规模纳税人：我国对于小规模纳税人的增值税税率有优惠政策，其适用税率为3%（部分行业为1%）。如果您的公司是小规模纳税人，那么厂房租金的税率可能因此而降低。

b. 税率调整：政策可能会根据实际情况进行调整，有可能在您提问的时间和我回答的时间之间，税率已经发生了变化。

c. 特定地区或行业优惠政策：部分地区或行业可能会享受税收优惠政策，导致税率有所不同。

3. 为了确保准确性和避免误导，建议您查阅以下方面：

a. 确认公司纳税人的身份，是小规模纳税人还是一般纳税人。

b. 了解公司所在地区是否有特定的税收优惠政策。

c. 咨询税务机关或专业税务顾问，获取最准确的税率信息。

希望以上回答能够帮助您解决问题。如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！