您好！关于运输费在计算税费时税率的不同应用，这实际上是根据中国增值税的相关规定来确定的。

在中国增值税（Value-Added Tax，简称VAT）体系中，运输服务属于应税服务范畴。根据具体的服务内容和服务方式，运输服务可能会适用不同的税率。以下是两种不同税率的适用情况：

1. 9%税率：
- 一般情况下，运输服务如陆路运输、水路运输、航空运输等，适用的增值税税率是9%。这适用于大多数标准的运输服务。

2. 3%税率：
- 某些特定的运输服务，比如城市公共交通服务、农村公共交通服务等，可能会适用3%的优惠税率。
- 此外，对于小规模纳税人来说，他们提供的某些应税服务（包括运输服务）也可能按照3%的征收率计算增值税。

为什么会有这样的区别呢？主要是出于以下考虑：
- 优惠税率（3%）的设置，是为了支持国家鼓励发展的行业，减轻这些行业的税负，促进社会和经济的发展。
- 标准税率（9%）则是一般性税负水平，适用于大部分的商品和服务。

在使用这些税率时，需要注意以下几点：
- 确认服务类型和提供者身份（一般纳税人还是小规模纳税人）。
- 根据最新的税收政策进行税率选择，因为税率可能会随着政策调整而变化。
- 在开具增值税发票时，正确选择适用的税率。

希望以上解释能够帮助您明白运输费在计算税费时9%和3%税率的区别和适用情况。如果您还有其他问题，欢迎继续提问。我会耐心为您解答。