首先，对于您的问题，是否需要考虑甲乙两公司内部交易未出售存货的40%部分以及专业技术转让之间的折旧差异，并调整6000的利润，答案是：需要。

1. 内部交易未出售存货的部分：按照企业会计准则，内部交易中未出售的存货应当进行合理定价，并确认相应的利润或损失。若这部分存货的折旧与正常销售情况下的折旧存在差异，那么在计算利润时，确实需要对这部分差异进行调整。

2. 专业技术转让之间的折旧差异：企业在进行专业技术转让时，若涉及到转让的资产存在折旧差异，也需要对这部分差异进行调整。这是因为折旧差异会影响到公司的净利润，从而影响到财务报告的准确性。

以下是具体的解决方案：

1. 对内部交易未出售存货的40%部分，按照正常销售情况下的折旧政策计算折旧，并将折旧差异调整到利润中。

2. 对专业技术转让的折旧差异部分，同样进行调整。具体操作为：计算转让资产按照正常折旧政策下的折旧额，与实际折旧额之间的差异，将此差异加回到利润中。

3. 根据调整后的折旧数据，重新计算6000的利润。这样可以确保利润的准确性，使其更能反映公司的真实经营状况。

总之，对于您所提到的问题，确实需要考虑内部交易未出售存货的折旧差异和专业技术转让之间的折旧差异，并对利润进行调整。希望这个回答能够帮助您解决问题，如果还有其他疑问，请随时提问。我会耐心为您解答。