一、税务代理机构，是指按规定条件经批准设立的注册税务师执业机构——税务师事务所。

二、税务机关是注册税务师行业的主管机关，它对全国注册税务师行业行使的是行政管理权。

三、中国注册税务师协会是属于全国性一级社团组织，它对行业实行的是自律性管理，而不具有行政管理权。

四、区别主要表现在以下三个方面：
一是从机构的性质上看：注册税务师行业的主管机关是税务机关，其具体承担的主管机构是注册税务师管理中心。目前，只在国家税务总局和省级税务机关设立注册税务师管理中心。国家税务总局注册税务师管理中心是国家税务总局的内设职能机构，它对全国注册税务师行业行使的是行政管理权。中国注册税务师协会是属于全国性一级社团组织，它对行业实行的是自律性管理，而不具有行政管理权。目前，只在国家和省设立注册税务师协会。

二是从二者的职能上看：国家税务总局注册税务师管理中心的主要职责是：拟定全国税务代理的法规、制度以及有关政策，并对执行情况进行监督检查；对全国注册税务师的执业资格进行认定、注册、年检和其它管理工作；组织编写注册税务师执业资格考试大纲、考试指定教材，组织命题并协助有关部门做好考务工作；审核、审批税务代理机构；查处重大税务代理违章案件；做好税务代理宣传、组织国内外有关税务代理的联络、交流和合作活动等事项。中国注册税务师协会的主要职能是：对注册税务师行业实行自律性管理。团结、教育执业注册税务师以经济建设为中心，促进社会主义市场经济的发展；保证税收法律及规章制度的正确实施；监督执业和从业人员遵守职业道德，帮助委托人认真履行纳税义务；维护会员和被代理人的合法权益；加强会员的联系与合作；协调执业注册税务师与委托代理人之间的关系；政府、有关部门与税务代理机构及执业人员发挥桥梁纽带作用等。

三是从二者的作用上看：注册税务师管理中心从自己的职能出发，对注册税务师行业进行管理和监督，负责审核、报批及审批税务师事务所；对税务师事务所及注册事务师的执业行为进行监督检查；按规定的职权处理违章行为等。注册事务师协会对注册事务师行业通过《注册税务师章程》进行自律性管理。承办会员入会登记、实施行业指导；开展对执业税务师的教育和培训；维护会员的合法权益等项事项。