一、 当前农村卫生服务体系存在的主要问题
（一）农村三级卫生服务机构基础设施落后
一是业务用房陈旧。据调查，省级贫困县、边境县和少数民族县的县医院、县中医院业务用房缺口达40%，危房比例平均达到20%；全国县级妇幼保健机构的危房比例平均为13%，其中80%集中在中西部地区。大多数乡镇卫生院基本不具备传染性疾病的接诊隔离、转运条件，水、电、暖设施不配套，中西部地区乡镇卫生院危房率为33.6%，加上短缺面积和需要改造的业务用房，需要改造建设的乡镇卫生院比例达70％。村卫生室的情况更差。
二是常用设备短缺。约60％的县医院需要装备或更新心电监护仪；90%的县妇幼保健机构需要装备或更新新生儿心电监护仪。80%的乡镇卫生院需要装备或更新X光机；个别卫生院至今还仅靠“老三件”（血压计、体温计、听诊器），勉强维持开展低水平的医疗服务。西部地区13.2%的村卫生室没有血压计，40.5%的村卫生室没有消毒锅，不能进行基本的检查和诊断，无法保证医疗器械的清洁消毒。
三是可及性差。在部分农村地区，尤其是边远农村，卫生资源不足，给居民就医带来困难。根据2003年国家第三次卫生服务调查报告，四类（边远贫困）农村地区有18％的家庭距最近的医疗机构超过了5公里，有25％的家庭到最近的医疗机构的时间在30分钟以上。
（二）农村卫生技术人才匮乏，医疗服务水平低
据第三次国家卫生服务调查，乡镇卫生院的卫生技术人员中，中级以上职称所占比例为11.5%，专科以上学历为19.3%。在贫困地区只有15%的乡镇卫生院能施行阑尾炎切除术，有的卫生院甚至连最简单的清创缝合都做不了，不仅给农民就医带来不便，还增加了病人经济负担，甚至延误病情而危及生命。
（三）农民缺乏医疗保障制度
全国尚有79.1%的农村人口没有医疗保障，基本上靠自费看病，医药费用负担沉重；45.8％的农村居民应就诊而未就诊，30.3％的农村居民因住院而未住院，其中因经济原因造成未就诊和未住院的比例分别为38.6％和75.5％。
（四）农村卫生管理体制改革滞后，运行机制缺乏活力
农村卫生管理体制尚未理顺，落实乡镇卫生院划归县级管理的步伐较慢，多元化投资、有序竞争的办医格局尚未形成，农村卫生机构的内部管理和运行机制也缺乏活力，人事制度、分配制度改革滞后，有效的激励和淘汰机制尚未形成。
二、建设和完善新农村卫生服务体系的主要任务
由于长期经济结构的二元性，我国形成了城乡分割的医疗保障和医疗服务体制，占71％的农村人口只拥有20％的医疗资源。城市居民的医疗设施主要由国家供给，而农村主要靠农民自筹解决，卫生资源布局“重城轻乡”，政府对农村卫生长期投入不足，造成农村卫生服务体系不健全，功能不完整，服务能力低下，难以保证农民的公共卫生、基本医疗需求，城乡居民的健康水平差距较大。
按照建设社会主义新农村、构建和谐社会的要求，统筹解决好农村公共卫生和基本医疗服务问题，必须在指导思想上把加快发展农村卫生作为解决“三农”问题、统筹城乡发展和促进社会公平的重要途径。在发展目标上，要把尽快实现人人享有基本公共服务和人人享有卫生保健作为努力方向。在发展政策上，要把发展农村卫生作为整个卫生事业发展的重中之重，坚持政府主导，以公共财政为主要支撑，把加快农村卫生服务体系作为着力点。当前，应突出抓好三项任务：
一是加强农村卫生服务体系设施建设。针对目前农村卫生房屋陈旧、设备短缺的薄弱环节，应按照统一规划、分级负责、整合资源、填平补齐、整体筹划、分步实施的原则，加大中央、地方财政的投入，对县、乡、村三级医疗卫生机构（重点是乡镇卫生院）的业务危房进行改造和扩建以及装备基本医疗设备，使其尽快达到开展基本医疗和公共卫生服务的条件。
农村卫生服务体系设施建设要以乡镇卫生院为核心，同步加强县医院、县中医（民族医）医院、县妇幼保健院（所）和村卫生室建设，以形成县级卫生机构为龙头，乡镇卫生院为中心，村卫生室为基础的服务网络。中央主要支持中西部地区农村卫生机构的基础设施建设，同时安排少量引导资金兼顾东部部分困难地区。在建设重点上，要把当前危害农民群众最突出的艾滋病、血防、结核病重点地区的设施建设好，并同时按照新型农村合作医疗制度覆盖进度要求，相应推进基础设施建设，“先难后易，雪中送炭”，优先解决最为紧迫、条件最困难的卫生院建设问题。在建设步骤上，首先全面推开乡镇卫生院建设，对县医院、妇幼保健院所、县中医院（民族医院）等建设项目逐步启动，逐年推开。力争到2019年全国农村卫生服务体系基本改变房屋破旧、设备短缺的面貌，基础设施条件得到全面改善，服务能力和水平得到全面提高。
二是加快建立和完善新型农村合作医疗制度。切实把建立新型农村合作医疗制度作为为农民提供基本医疗服务和保障农村卫生机构运行的一项根本性制度建设抓好。要在总结试点经验的基础上，进一步扩大试点，加快推进建设步伐，争取到2019年实现基本覆盖农村居民的总体目标。同时，应逐步扩大中央补助标准和范围。现已确定，从2019年起中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民每人每年补助提高到20元，地方财政也要相应增加10元。今后要视财力可能逐步提高补助标准。要完善管理运行机制，落实配套政策。建立完整的组织管理体系，实行科学的基金管理模式，采取多种形式的补偿方式和简便合理的报销结算办法，深入研究探索解决农民个人费用收缴、审核报销、医疗救助、医药服务监管、经办能力建设等方面的突出问题。
三是推进农村卫生管理体制和运行机制改革。加快推进区域卫生规划的制定实施，合理规划布局、整合农村卫生资源。政府在每个乡镇办好一所公立卫生院，明确功能、职责，人员、业务、经费划归县级管理，实行收支两条线管理。积极推进人事分配制度改革，实行乡镇卫生院院长招聘制度，其他人员要定岗定编、竞争上岗，实行岗位工资制，提高整体服务水平和运行效率。同时，要推进医疗机构分类管理制度，打破部门和所有制限制，探索多种办医形式，建立社会投资和捐资举办农村卫生的有效激励机制。加快县级公立医疗机构内部运行机制改革。加大政府对农村医药卫生领域的调控和监管力度，规范药品市场和医疗行为，合理控制医药价格，建立适应农民收入水平的农村医药价格管理体系和农村医疗服务规范。