哈尔滨市国家税务局内设11个行政机构，级别为正处级；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。
1. 办公室
制定局机关和系统的年度工作计划及长远发展规划，处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息和外事工作；负责税收宣传工作；制定办公规章制度；指导办公自动化工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
2. 政策法规处
进行税政调查研究；研究税制改革和完善税收管理体制的有关问题；拟定税收综合业务的规章制度；负责税收业务的协调和法律事务；对税收法律、法规的执行情况进行监督检查；承担税收法规文件的清理、鉴定及汇编工作；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；办理税务行政诉讼和行政复议等事项。
3.流转税管理处
负责增值税、消费税、营业税等税种的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法规、规章并对执行情况进行监督检查；拟定有关流转税征收管理的具体实施办法；管理增值税专用发票；负责推广和管理增值税防伪税控系统；负责增值税、消费税、营业税等税种的日常稽核和检查工作。
4.所得税管理处
负责企业所得税和储蓄存款利息所得税等税种的征收管理和税政业务；对分管税种的具体问题进行解释和处理；负责拟定所得税征收管理的具体实施办法；负责组织企业所得税的日常检查；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。
5. 征收管理处
组织实施综合性税收征管法律、法规、规章制度和办法；组织实施税源管理和纳税服务；负责税收征管质量考核；负责征管文书和征管档案管理；负责税收征管软件和除涉及增值税防伪税控系统以外的税控器具的推广和应用；负责个体工商户和集贸市场税收征管；负责普通发票管理制度建设；负责对普通发票承印企业的管理；负责企业自印发票的审批及审核上报。
6. 财务管理处
负责本系统经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；制定各项管理制度；组织内部审计和政府采购工作。
7. 计划统计处
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责监督检查税收票证的使用情况。
8.进出口税收管理处
负责进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。
9. 人事处
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、调配、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；负责下一级领导班子和领导干部的监督检查工作，按照管理权限负责领导干部的离任审计及出国政审工作。
离退休干部办公室（副处级，兼职人事处）。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。
10. 教育处
负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责本系统的工会、青年、妇女工作；负责税务培训机构和教育经费的管理工作。
11. 监察室
负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理的干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
机关党委办公室。负责局机关和直属单位的党务、工会、青年、妇女工作；负责局机关的思想政治工作和党群工作。