实习期工资应该按照工资薪金扣个税，
但是很多企业是这么执行的，
实习生如果不与用人单位签订劳动合同，就按劳务报酬缴纳个税，次收入4000元以下扣除费用800元（超过4000元扣除20%的费用），剩余部分按20%缴纳个人所得税。
实习生如果和用人单位签订劳动合同，则按工资薪金缴纳个税。
其实，国家税务总局2019年10月12日解读如下：
对于引起舆论关注的“实习生薪酬800元起征”一事，国家税务总局在官微上发表《【新闻澄清】：一些企业针对实习生收缴“劳动报酬税”是误用税收政策》（下文简称《澄清》），指出实习生群体被征收劳务报酬税属于企业误用税收政策。实习生工资应当按“工资、薪金报酬”处理，与正式职工享受同等税制。
税务总局回应：实习生个税起征点是3500元。
《澄清》指出，在2019年以前，对于支付给季节工、临时工、实习生等灵活就业人员的报酬，该如何扣除，税收政策的规定是不太明确的，企业的习惯也是按劳务费用处理。
但是，税务总局2019年发布了《关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》，其中明确规定企业雇用实习生所实际发生的费用，应区分为工资薪金支出和职工福利费支出，因而已经规定了实习生报酬的性质。
也就是说，有关季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员等灵活用工人员取得报酬的性质，在企业所得税中已经很明确，属于工资、薪金而非劳务报酬 ，起征点应是3500元。
如企业适用有误的，可以要求企业按照工资薪金计税。