我是重庆三峡医药高等专科学校08级学生，今年毕业，当年我一高中同学报的是重庆医专，下面为你比较一下这两所学校吧。
1、重庆三峡医专在重庆市万州区，重庆医专在大学城。重庆医专在大学城，的确离主城区近，不过坐车也要1个小时才到沙区。万州现在到重庆主城还要3个多小时，不过听说渝-万城际铁路也快了，到时候万州到重庆也只需要一个多小时了，而且你从万州出发到湖北、湖南、陕西、河南、川东等地就非常近了。
2、重庆医专学校面积较小，学校才搬过去一年多，配套设施也还不怎么完善，校舍宿舍功能不全，有的道路都还是泥巴路，也在建设中。特别是他们还有一部分校区在老药剂校，倒是位于市中心，不过校区特别老旧。重庆三峡医专在刚建校时就整体搬到新校区了，今年又新修了几栋教学楼，体育馆、体育场、艺术中心、新建实训楼。学校外面的小店很多，饮食、超市、商店都多，生活非常方便。
3、重庆三峡医专是万县卫校和万县中医校合并的，过去在渝东、川东地区很有声誉，渝西和川西的很多学生也慕名而来。重庆医专是三个中专学校合并的，重庆药剂校在重庆比较有名，但是其他两所学校就没怎么听说了。
4、三峡医专向来对学生的管理比较严格，在我们刚进校时还是封闭式管理，后来才逐步开放，对纪律，上课，夜间归寝等都查得严。重庆医专也查，但是较松，如果想偷懒或者出去耍机会还是蛮多的。
5、重庆三峡医专的实习基地分布很广，主要分重庆片区、成都片区和华南片区。实习医院都在二甲以上，很多都是三甲，像重庆一院、三院、四院、九院、中山医院，四川省人民医院、四川省骨科医院、广东省人民医院、厦门市人民医院等，可供选择的医院很多，如果你想到广东、福建、上海等地发展也可以。而且像药学、口腔医学技术等几个专业有订单培养，在实习的时候直接进入就业单位实习，可以开始挣钱了。重医专实习基地也差不太多，但是实习基地没有三峡医专多，而且也仅分布在重庆市市区及周边，可供选择的不多。
6、我们学校在就业上最大的特色就是“入学即就业”。重庆市的定向生选拔现在是个香饽饽，学费全免而且毕业就业有编制，我们学校从08年开始选上的人数都是重庆市最多的，可惜我是07级的。药学类专业都有订单培养，订单培养的企业公司在重庆、成都、广州、湖南等地都有。再是普通专升本，我们学校连续两年都比重庆医专多。重庆医专的药学专业就业还可以，其他的就不是很了解了。我在外面实习的时候，听医院的老师说，历年来三峡医专的实习生比重庆医专的在理论和动手能力都强点，我觉得当初高考选择学校的时候没有选错。
这是我给你的一些参考建议。当然如果你分数够高的话可以报重庆医科大学，他们毕竟是本科院校，但是好像招的专科生少，而且分数比较高。如果重医去不了的话就可以考虑三峡医专，他们现在对专科生还是蛮重视的。在选专业方面，还是要看你将来想做什么。因为是专科，想在大医院的话就选护理之类吧，如果是临床、检验、中医之类就在县级或者乡镇了，如果愿意自己出去闯一闯，可以报药学类专业，发展空间比较大。还听说一件事，说是我们学校再过几年就要升格为本科院校了，不过是听说，不知道是不是真的，你可以打电话咨询一下我们学校的老师。