商标厂跟单文员主要负责商标注册过程中的文件管理和跟单工作，具体包括：

1. 负责商标注册相关文件的收集、整理和归档，确保文件的完整性和准确性。

2. 跟进商标注册申请的进度，及时向客户反馈申请进展情况，并协助客户处理相关问题。

3. 协助律师起草商标注册申请文件，包括商标注册申请书、商标分类表、商标授权委托书等。

4. 负责商标注册申请材料的递交和后续的跟进工作，包括商标局的审查、公告、异议、复审等环节。

5. 维护客户关系，及时回复客户咨询和反馈，提供专业的商标注册咨询服务。

总之，商标厂跟单文员是商标注册过程中不可或缺的一环，他们的工作能够保证商标注册申请的顺利进行，提高注册成功率和客户满意度。