企业在使用外购原材料和自产原材料于在建工程时，税费处理需要遵循我国的税法规定。以下是具体的处理方法：

1. 外购原材料：

对于外购原材料，企业在购买时已经支付了增值税。这部分增值税可以作为进项税额抵扣企业在将原材料用于在建工程时产生的销项税额。具体操作如下：

- 在采购原材料时，取得的增值税专用发票上的增值税额可作为进项税额；
- 在将原材料用于在建工程时，按照工程进度和原材料消耗情况，计算出相应的销项税额；
- 将进项税额与销项税额进行抵扣，剩余的税额需缴纳给税务机关。

2. 自产原材料：

对于自产原材料，企业在生产过程中已经缴纳了相应的税费。在将自产原材料用于在建工程时，应按照以下原则处理税费：

- 首先计算自产原材料的成本，包括直接材料、直接人工和制造费用等；
- 根据成本计算出应缴纳的税费，如消费税、资源税等（具体税费种类取决于原材料的性质）；
- 将计算出的税费与在建工程相关的税费进行对比，确保税费计算的准确性；
- 按照税法规定，将应缴纳的税费及时申报并缴纳给税务机关。

需要注意的是，企业在处理税费时，应确保以下事项：

- 遵循税法规定，合理合规地享受税收优惠政策；
- 准确计算进项税额和销项税额，确保抵扣的准确性；
- 按时申报和缴纳应缴纳的税费，避免产生滞纳金和罚款；
- 妥善保管相关发票、凭证等资料，以备税务机关查验。

希望以上回答能够帮助您解决问题。如有其他疑问，请随时提问。我会竭诚为您解答。祝您工作顺利！