在无形资产已经运行的状态下，对于发生的软件升级和软件维护费用，会计处理需要遵循以下原则：

1. 软件升级费用：

如果软件升级是为了提高现有无形资产的功能、性能或延长其使用寿命，那么这部分费用通常可以资本化，即计入无形资产原值。具体会计科目如下：

借：无形资产——软件升级（或其他相关科目）
贷：银行存款/应付账款等（对应支付升级费用的账户）

如果软件升级是为了修复已知的问题或保持现有功能，这部分费用通常应当费用化，计入当期损益。具体会计科目如下：

借：管理费用/研发费用——软件升级
贷：银行存款/应付账款等（对应支付升级费用的账户）

2. 软件维护费用：

软件维护费用通常是为了保持无形资产正常运行而发生的，这部分费用一般应费用化，计入当期损益。具体会计科目如下：

借：管理费用/研发费用——软件维护
贷：银行存款/应付账款等（对应支付维护费用的账户）

需要注意的是，具体的会计处理方法还需要根据企业的实际情况和会计政策来确定。在处理这些问题时，建议与会计专业人员或会计事务所进行沟通，以确保符合相关会计准则和法规要求。

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